Desa Kebun Kelapa terbentuk setelah adanya Desa Sungai Ular Sejak Tahun 1942-1950. Yang pada masa itu dipimpin oleh Bapak H.M.Syarif (Nihil) pada jaman Penjajahan Jepang, Setelah H.M.Syarif tidak lagi menjabat sebagai Kepala desa , Maka Berganti Oleh Bapak Mandor Warijan menjadi Kepala Desa , dan Setelah Mandor warijan Tidak lagi Menjadi Kepala Desa Berganti pula Dengan  Bapak Kundan selama kurang lebih 3 (Tiga Periode).

Pada awal Masa Kepemimpinan Bapak Kundan Sebagai Kepala Desa Sekitar Tahun 1950 maka dilakukan Pemekaran desa Menjadi Dua  bagian yaitu Wilayah Pemerintahan Desa Sungai Ular yang dipimpin Oleh Bapak Kundan dan Wilayah Pemerintahan Desa Kebun Kelapa.

Maka pada Tahun1950 terbentuklah Desa Kebun Kelapa dan Pada Tahun 1952 Desa Kebun Kelapa Dipimpin Oleh Bapak M.Yusuf sampai dengan 1961 , Kemudian Berturut-turut oleh Kepala Desa Kebun Kelapa :

• Bapak Sumardi Menjabat dari Tahun 1962-1986
• Bapak Paino Menjabat dari Tahun 1987-2002
• Bapak Abdul Kahar Menajabat dari Tahun 2003-2007
• PLT Kepala Desa Oleh Bapak Amat Rasyid dari 2008-2009
• Bapak M.Amin Dairabi Menjabat Sejak 2010 Sampai dengan Saat ini.